8月，唐才常等人在长江流域组织的自立军起义失败，唐被捕杀。

章太炎尽管宣言脱离自立会，仍然逃不了黑名单的指名追捕，他只好悄悄地回浙江老家度岁。就在春节那天，他听说捕卒跟踪而至，便躲进一所和尚寺里，十天以后，估计无事，复出上海。这时，他辫发已剪，出入很不方便。恰值美国教会在苏州设立的东吴大学需求教员，经朋友推荐，得赴苏州任教。章太炎曾回“诂经精舍”看望老师俞樾。谁知俞一见到他，就很不高兴，疾言厉色地呵斥，说他从事革命是“不忠不孝，非人类也”，要鸣鼓而攻之。章太炎对老师一向很尊敬，这次却难以忍受，当即反唇相讥，并写了《谢本师》，声明与俞樾绝断师生之谊。

章太炎少小时就说过“明亡于满清，不如亡于李自成”那样惊世骇俗的话，在苏州又以《李自成、胡林翼论》为学生命题作文，闻者怪异，被官府发觉，再次下令缉拿。1902年春，他再次逃亡日本，寄住东京的留日学生宿舍，删润译稿，勉强度日。他与住在横滨的经常来往。借用会党内部结盟仪式，在中和堂设宴奏乐，与章正式订交。

孙、章一起谈了许多问题，包括的土地、赋税及革命成功后的政制和建都等问题，章颇受鼓舞。农历三月十九日，是崇祯皇帝忌日，为了借此宣传反对清朝的民族革命思想，章太炎和革命党人秦力山等人，在的支持下，在东京发起“亡国二百四十二年纪念会”，章手撰大会宣言，号召留日学生“雪涕来会，以志亡国”，努力奋斗，清朝。留学生报名赴会者数百人，学界为之震动。清公使蔡钧闻讯，极为恐慌，亲访日本外务省，要求解散此会。日徇其请，开会前一日，警察署传讯章太炎等大会发起人。

警长问章为清国何省人，章答，“余等皆人，非清国人”；问属何阶级，答日“遗民”。尽管章等据理力争，大会仍被禁止。预定开会之日，许多赴会者被驱散。章等只得约集一部分人，以聚餐为名，举行了纪念会的仪式，给的革命派机关报《日报》发了一条消息。

章太炎在日本旅居三个月，返回上海，旋归乡里，重订《尨书》。是年秋，蔡元培在上海的租界里创设“爱国学社”，招章太炎任教。章又于1903年春来到上海。

“爱国学社”是一所为资产阶级革命播种的新型学校。它除了讲授一些基础课外，每周有一次讲演会，讲演会的主讲人大都是倡导或倾向革命的知识分子，太炎也常到会慷慨陈词。这些讲演稿多在《苏报》上发表，引起了社会的广泛注意。

章太炎到爱国学社后，青年革命家邹容也来到这里。邹久慕章的大名，相见恨晚。章也很喜欢这位英姿勃发的青年，不久二人结为兄弟。章大邹十八岁，互以大哥小弟相称。邹写了题为《革命军》的小册子，章太炎看了以后，认为要唤醒民众的觉醒，就需要这样的“雷霆之声”，亲为作序，称之为“义师先声”。《革命军》问世后，《苏报》又发表多篇介绍文章。这样，《革命军》不胫而走，风行国内外。

《驳康有为论革命书》、《革命军》击中了清朝统治者的要害，引起了他们的恐慌和仇视。两江总督魏光焘以“四川邹容所作《革命军》一书，章炳麟为之序，尤肆无忌惮”，又以《驳康有为论革命书》中的“犯上”字句为口实，命令上海道袁树勋查封爱国学社和苏报馆，密拿有关人员还特派南京候补道俞明震赶往上海，协同办理。

就在《苏报》发表《驳康》书节录的那天，上海道和工部局勾结好了，工部局巡捕和警探到苏报馆捉人。第二天，又闯入爱国学社，指名要捉蔡元培、章太炎、邹容等人。蔡事前闻讯，已避地青岛，余人均逃散，独章太炎不肯逃，说革命就要流血，怕什么，清朝要捉我如今已经是第七次了。

巡捕和警察来到门口，章迎上去，指着自己的鼻子说：“余人都不在，要拿章炳麟，就是我!”他便被扣上手铐，捉进巡捕房。邹容得章太炎自捕房来信，不愿让章独自受苦，自动投案。这就是震动全国的“苏报案”。

章、邹被囚禁后，清朝的代表袁树勋、俞明震等向工部局和各国领事多方活动，请求引渡，想将章、邹押解南京，加以杀害。由于帝国主义者要维护他们统治租界的绝对权威，不答应引渡。清便延请律师，向租界的会审公廨控告章太炎和邹容。

7月15日，会审公廨组织额外公堂，对章、邹进行公开审讯。在租界的公堂上，清作为原告，章太炎、邹容作为被告，闹出了国家与本国打官司的怪事。

官司打了十个月，最后判处章太炎监禁三年，邹容监禁二年，监禁期满逐出租界。