俞樾，字荫圃，号曲园，是从顾炎武、戴震、王念孙父子一脉相承的朴学大师，负盛名，治学深邃，对要求十分严格。太炎在这里首尾七年，精研古训，博考事迹，长进很快，时有创获，为他日后的学术成就打下了结实的根底。

在这段时间里，太炎还向名儒高学治、谭献请教经学和文辞法度，向深通“三礼”的黄以周、精通《周礼》和《墨子》的孙诒让、钻研佛学的宋衡问过学，结识了夏曾佑、杨誉龙等朋友。这些师友，对他的学术造诣都有一定影响。

1894年，甲午战起，大败。翌年，签订了丧权辱国的《马关条约》。空前严重的民族危机，把章太炎从宁静的书斋里驱赶到资产阶级变法图强的热潮中来。他钦佩康有为等举人的“公车上书”，赞赏康设立强学会，并从杭州寄会费银十六元报名入会。1896年，梁启超、汪康年、夏曾佑等在上海创办《时务报》，邀章入社。章遂于1897年春天离杭赴沪，担任《时务报》撰述，开始投入了政治活动。

那时，章太炎赞同康有为、梁启超的变法维新主张，思想上却有分歧。因为康有为打出孔丘的旗号，倡言“托古改制”，太炎不同意神化孔丘、建立孔教，对于把康有为捧为“教皇——南海圣人”，极端不满，加上学术上一个是古文经学派，一个是今文经学派，门户之见，辄如冰炭。后来他在《自订年谱》中说：“春时在上海，梁卓如倡言孔教，余甚非之。”

还说：“康氏之门，又多持《明夷待访录》，予常持船山《黄书》角之。以为不去满洲，则改法为虚语。”为此，在《时务报》馆，章太炎与康有为的梁启超、麦孟华等时常争吵，几经动武。勉强工作了几个月，他就愤而离去，往返沪杭间，参与《经世报》、《实学报》、《译书公会报》笔政。

是时，继德国出兵强占胶州湾后，沙俄舰队又侵入旅顺口，帝国主义列强竞相效尤，“瓜分之形，皖如泰山”。1898年1月，章太炎上书李鸿章，祈求他联日抗欧，挽此危局。不久，章太炎应湖广总督张之洞之请，来到武昌。

张之洞是继起的洋务派头目，在改良主义运动高涨的时刻，他趋附维新，以“中学为体，西学为用”为宗旨，撰写《劝学篇》，筹备出版《正学报》。他延揽章太炎人报馆，是想利用章在学术上的成就，增强自己的声誉，章太炎则以为借助张之洞这样大权在握的汉族官僚，或可推动变法，所以欣然。两者趋向既异，矛盾很快就暴露出来。

张之洞请章太炎商讨《劝学篇》，章对书中侈谈的要忠于清王朝的“忠君”说教十分反感，认为所谓“忠”，无非是“上思利民”、“朋友善道”和“憔悴事君”三项，现在清王朝蹂躏汉族二百多年，“视民如雉兔”，早已无“忠”可言，要谈“忠爱”，等到革命以后。这些话，吓坏了张之洞及其幕僚，他们便把章太炎逐出报馆。

章太炎离鄂返沪。不久，《时务报》馆排走梁启超，由汪康年经理改名《昌言报》，仍聘章太炎参加笔政。这年9月，慈禧太后为首的顽固派在北京发动，囚禁光绪皇帝，杀害谭嗣同等“维新六贤”，并到处搜捕维新派人士。康有为、梁启超逃亡海外。

12月初，章太炎也因遭受通缉，应日本友人之召，避地，任《台北日报》记者。次年春天，他着手把自己的以及关于经学、史学、哲学、文学、音韵等方面的论著，辑订为《馗书》。夏天，来到日本，寄寓梁启超在横滨所设立的《清议报》馆。经梁启超介绍，他认识了。9月返回上海，参加《亚东日报》编务。是年冬，《馗书》木刻本付梓。

1900年，义和团运动爆发，八国联军入侵，清的帝国主义走狗面目暴露无遗。本来，戊戌变法的失败，已激起章太炎对改良主义道路的深深怀疑，而义和团群众的反帝斗争和清的残民媚外，更促使了他的觉醒。

是年7月，康有为的、谭嗣同的同学唐才常，秉承老师的意图，在上海发起“张园国会”，创设自立会，组织自立军。到会者有容闳、严复、章太炎等八十余人，推举容闳为会长，严复为副会长，唐自任总干事。

会布的宗旨是：

一、保全自，创造新自立军；二、决定不承认清朝有统治之权；三、请光绪皇帝复辟。对于会议宗旨，章太炎坚决反对，认为“不当一面排满，一面勤王，既不承认满清，又称拥护光绪皇帝，实属大相矛盾，决无成事之理”。

为表示反清的革命决心，他当场“宣言脱社，割辫与绝”，脱下国服，换上西装，后来还写了《解辫发》一文以明志。断发易服，标志着章太炎与改良主义决裂，从此踏上了资产阶级革命的征途。